2000 год – согласно Концепции развития РГТУ МАТИ как единого учебно-научно-производственного комплекса в области высоких технологий при Ступинском филиале организовано территориально обособленное хозрасчетное структурное подразделение в виде Учебно-технического центра «Системы автоматизации и информационные технологии».
3 ноября 2000 года скоропостижно скончался ректор университета Борис Сергеевич Митин.
2002 год — полностью завершена капитальным строительством и введена в эксплуатацию I очередь и начато строительство II очереди комплекса учебно – административных зданий в районе Кунцево ЗАО г. Москвы.
2003 год — создан Институт молодежной политики и социальных технологий.
2005 год — открыт мемориал памяти сотрудникам и студентам МАТИ, погибшим в годы Великой Отечественной войны.
2006 год — Принято решение о создании на базе МАТИ Военно-учебного центра Министерства обороны Российской Федерации.